Ancien élève de l’ENA, Jean François Théry a fait la plus grande partie de sa carrière au Conseil d’État, où il a été président de chambre à la section du contentieux, puis président de la section du rapport et des études. Il avait appartenu aux cabinets de M. Olivier GUICHARD  à l’Éducation Nationale, à l’Aménagement du Territoire  et à la Justice, et à la Mission Interministérielle de la mer.  Il a été  également directeur de la Politique Générale de la Recherche  au ministère de la Recherche et de la Technologie, membre du Comité National d’Évaluation de la Recherche, président du Centre National de Documentation Pédagogique et du Comité d’Ethique et de Précaution de l’Institut National de la Recherche agronomique (INRA) et de l’Institut Français d’exploitation de la mer (IFREMER).